Panic Bomber sur Neo Geo se démarque du concept original de Bomberman en tirant son principe du style puzzle-game. L'objectif du jeu est de détruire toutes les petites têtes de Bomber. Pour ce faire, le joueur doit les diriger de façon à en aligner au moins 3 de la même couleur ou les faire exploser grâce aux bombes disséminées dans le niveau. Le titre intègre un mode deux joueurs dans lequel il faut survivre plus longtemps que son adversaire.